糖尿病、心血管疾病、免疫问题和药物可能与口腔状况相关；相关性并不一定代表直接因果关系。
习惯、遗传与预防
龋病和牙周病是多因素疾病，受牙菌斑、糖摄入频率、氟、唾液、烟酒、卫生、就医条件和遗传易感性共同影响。儿童龋病不能简单归因于“遗传”或母亲孕期未治疗的蛀牙；细菌传播和家庭习惯只是部分风险。含氟牙膏、牙缝清洁、均衡饮食和按个人风险复诊有帮助。
心血管疾病
牙周炎与心血管病存在统计关联，但共同危险因素和炎症不能证明直接因果。治疗牙周病对口腔健康很重要，但不能宣传为必然预防心肌梗死或脑卒中的方法。
感染性心内膜炎虽然少见，却可能很严重。并非所有心脏病患者都需要牙科治疗前使用预防性抗生素，只有符合现行指南的部分高风险患者才需要。请告知牙医心脏病史、手术和全部用药。
肠道与免疫系统
口腔和肠道都有复杂的微生物群。有关特定口腔微生物迁移及影响的研究仍在继续，但这并不表示刷牙或益生菌能治疗所有胃肠疾病。良好口腔卫生和牙周治疗有益，却不能替代专科诊断。
免疫缺陷、HIV、癌症治疗、血液疾病和某些遗传状况可增加感染、溃疡、口干及愈合延迟的风险。牙科方案需结合具体诊断、化验结果和药物；仅说“免疫力低”不足以决定治疗。
妊娠与安全牙科治疗
妊娠期激素变化会增强牙龈对菌斑的炎症反应。牙周炎与早产和低出生体重相关，但相关性不证明细菌直接进入胎儿，牙周治疗也不能保证改变妊娠结局。与产科医生协调后，预防和必要牙科治疗通常可以安全进行；延误感染反而有风险。
同时存在口腔与全身疾病时的治疗
预防基础包括每天两次使用含氟牙膏刷牙、每天清洁牙缝、减少频繁摄入含糖饮料和零食、戒烟，并按个人风险复诊。这些措施支持口腔健康，但不能替代糖尿病、心血管、免疫或胃肠疾病的治疗。
具体治疗取决于诊断：龋病可能需要充填或牙冠，牙周炎需要专业清洁并可能接受手术，无保留价值的牙可能拔除后再讨论修复。越早发现通常越容易控制。务必向牙医说明所有诊断、过敏、妊娠情况和完整用药清单。